Fondată de Saint Ignatie de Loyola în 1540, ordinea a avut o vocație misionară legată de predare. Tocmai în această zonă, prezența sa în Évora a fost cea mai importantă, în primul rând, cu crearea Colégio Espiritu Santo în jurul anului 1551 și mai târziu, cu crearea Universității în 1559. În anul 1580 preotul iezuit Pedro Silva, Rectorul Universității, a vrut să achiziționeze Quinta de Valbom pentru a găzdui Facultatea de la Universitatea. Construcția a ceea ce urma să devină casa iezuiților a durat aproximativ 10 ani și a dus la o clădire cu mai multe locuințe, refectoare și capelă.
În 1759, cu expulzarea companiei lui Isus din țară de către marchizul Pombal, al cincilea, cu construcția sa, a devenit parte a proprietății de stat, având, câțiva ani mai târziu (1776), și pentru prima dată, au fost echipate cu o presă de vin care a câștigat rapid o importanță regiunea.
Apropierea mănăstirii Cartuxa, construită în mijlocul secolului. XVI, a determinat desemnarea prin care pivnița Cartuja era cunoscută în această zi. În 1869, străbunicul fondatorului, José Maria Eugénio de Almeida, a achiziționat Quinta, care a fost pus în vânzare în contextul procesului lung de aplicare a politicilor liberale ale lui Mouzinho da Silveira cu naționalizarea activelor Bisericii și Crown și vânzarea ulterioară la persoane fizice. După moartea sa, el ar fi fiul său, Carlos Maria Eugénio de Almeida, bunicul fondatorului, pentru a se strădui pentru continuitatea și extinderea producției de Casa Agrícola Eugénio de Almeida.
A fost de la inițiativa sa plantarea podgoriilor care au constituit cea mai îndepărtată origine a vinurilor Fundației. Odată cu extinderea progresivă și succesul producției de vin a instituției, pivnița de vinuri Cartuxa, instalată în vechea refectură a casei iezuiților de odihnă, a fost îmbunătățită. Dintre acestea, merită menționat cea mai mare restructurare care a avut loc între 1993 și 1995, care a permis re-echiparea și extinderea tuturor sectoarelor pivniței, crescând considerabil potențialul său de vinificație și capacitatea sa de stocare.
Din echipamentele anterioare, în zilele noastre, în prezent, dar inovatoare la momentul în care au fost introduse, există încă exemple conservate în mod corespunzător, cum ar fi amphorae algerieni pentru fermentarea roșilor (cuvele construite în beton, cu auto-vinifiers) și depuneri de ciment în cazul în care fermentarea de Vinurile albe au avut loc. Aceste tancuri de stocare, construite în ciment și acoperite ulterior în interiorul rășinii pentru a anula porozitatea cimentului, datează din anii '50 din perioada de război pre și post război, când utilizarea sa a fost o practică obișnuită.
Noua vinărie Cartuxa, situată în Herdade de Pinheiros, permite să primească toate strugurile produse în podgorii fundației și are la geneza trei spații tehnologice care o deosebesc de celelalte: capacitate eficientă de refrigerare; Posibilitatea de a sorta toate strugurile la intrarea în pivniță și manipularea și transferul maselor exclusiv prin gravitate.